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正确答案：A
【解析】第一步，突破口在第三空。根据段首“古怪的推测”可知，对于“轴子”的存在已有推测，填入词语应体现出“证实、证明”之意。A项“证实”指通过一项或者多项客观存在来证明一件事情的真实性；D项“验证”指经过检验得到证实。二者均符合文意，保留。B项“辨明”指辨别清楚；C项“判断”指断定。二者均不可照应“推测”，排除B项、C项。
第二步，再看第一空。根据“成百上千种隐形的粒子”可知，这些粒子是看不见的。D项“映现”指由光线照射而显现，不符合文意，排除D项。A项“充斥”指充满，塞满，符合文意。因此，答案锁定A项。
第三步，验证第二空。A项“尽善尽美”形容事物完美到没有一点儿缺点，符合文意。
因此，选择A选项。
